梁山大曲微生物的来源主要有空气、水、原料、辅料、器具和房屋环境等方面,而且一般规律为空气细菌多,原料霉菌多,场地酵母菌多。空气中的微生物在数量和种类上受季节影响大,如冬天细菌多于夏天,霉菌和酵母菌夏天多于冬天等,微生物之所以能在水中大量存在和生长繁殖,是因为水中有机物可作为其营养,微生物在水中的数量取决于水质。水源不同,微生物的种类不同。制曲原料在未经过任何化学的、物理的(高温、高压)处理时,其微生物含量非常丰富。器具中不可忽视的是曲室和生产中使用的糠壳、草帘或谷草物品,这两个环节的微生物不但品种数量多,起到了提供菌源的作用,从而促进发酵向有益方面进行。